Dalam menyelenggarakan pendidikan, Institut Sains & Teknologi AKPRIND Yogyakarta menerapakan sistem penjaminan mutu serta standar yang telah ditetapkan oleh pemerintah. Saat ini seluruh program studi yang ada di IST AKPRIND telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Begitu juga dengan Institusi, IST AKPRIND telah terakreditasi Institusi oleh BAN-PT sejak 19 Juli 2014.
Terhitung sejak tanggal 26 November 2019, IST AKPRIND terakreditasi dengan peringkat Akreditasi “BAIK SEKALI” berdasarkan keputusan BAN-PT No. 419/SK/BAN-PT/Akred/PT/XI/2019. IST AKPRIND merupakan PTS pertama di DIY yang menggunakan instrumen APT 3.0 dalam penilaian akreditasi dengan 9 kriteria.
Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) merupakan satu-satunya badan akreditasi yang memperoleh wewenang dari Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia dalam meningkatkan mutu pendidikan tinggi, memperkenalkan serta menyebarluaskan Paradigma Baru dalam Pengelolaan Pendidikan Tinggi, dan meningkatkan relevansi, atmosfer akademik, pengelolaan institusi, efisiensi dan keberlanjutan pendidikan tinggi